Un futuro molto lontano. La Terra. La tecnologia ha permesso agli uomini di sostituire il loro corpo di carne e sangue con un corpo meccanico in grado di vivere in eterno. Coloro che non possono permettersi la spesa di un corpo artificiale sono discriminati come una razza inferiore. Il giovane Tetsuro ha scoperto che su Andromeda chiunque può ricevere gratuitamente un corpo meccanico e, grazie alla bella e misteriosa Maetel, ottiene un biglietto per il Galaxy Express 999, che lo porterà verso la realizzazione del suo sogno. Ma, mentre il viaggio prosegue, il sogno si trasforma in realtà, e la realtà in un incubo.

Sono trascorsi due anni dalla prima volta in cui Tetsuro saì a bordo del Galaxy Express. Da allora la guerra tra uomini di carne e uomini meccanici si è fatta più cruenta, estendendosi a tutti i sistemi. Ma un giorno Tetsuro riceve un messaggio da Maetel. Un nuovo viaggio sul Galaxy Express, una nuova verità oltre l'immaginazione: le voci tra i partigiani della resistnza umana sostengono che Maetel, la bella e riste Maetel, stia per diventare la nuova Promesium, la regina degli uomini meccanici.